La misión principal del Servicio Nacional Aeronaval es proteger vida, honra, bienes y demás derechos y libertades de quienes se encuentren bajo la jurisdicción del Estado, conservar el orden público y prevenir los hechos delictivos y las faltas, así como proteger el espacio aéreo y marítimo; las aguas navegables, la plataforma continental submarina y las aguas lacustres de la República de Panamá.