El Colegio inicia sus labores el 5 de junio de 1989, con el nombre de Colegio Secundario Bilingüe de Changuinola, en el local ubicado en los Terrenos del Festival del banano. La matricula en nuestro primer año fue de 55 estudiantes distribuidos en I y II año. El Colegio San Marcos en el año se consolida y en el año 1990, participa en las primeras olimpiadas de matemáticas demostrando gran potencial. Para el año de 1991, el Colegio San Marcos auspicia y participa en las primeras OLIMPIADAS DE CIENCIAS, con la participación de varios colegios de la provincia de Bocas Del Toro. Por Decreto Ministerial, en 1991 (dos años después de su fundación) , se cambia el nombre a COLEGIO SAN MARCOS, en homenaje al apóstol JUAN, apodado MARCOS, quien fue uno de los evangelistas, escritores bíblicos y discípulos de JESÚS.