En 1963, se promulga el Decreto Ley No. 19 de 8 de agosto, mediante el cual se promueve la seguridad y eficiencia de los servicios aéreos y se fortalece la estructura económica con miras a hacer más amplias y firmes las relaciones económicas y culturales con otras naciones. Con este Decreto, se crea la Dirección General de la Autoridad Aeronáutica Civil bajo la dependencia del Ministerio de Gobierno y Justicia, con la facultad de dirigir, administrar y vigilar las actividades relacionadas con la Aviación Civil en Panamá.Durante este período, la Dirección General de Aeronáutica Civil era un organismo que fungía como "Agente de Retención" de impuestos y tasas generadas por la actividad aérea. Los limitados recursos económicos y materiales, de organización e infraestructura con que funcionaba, le impedían ejercer con eficiencia las funciones propias de planificación, dirección, supervisión y control de la actividad aérea En 1969 el Decreto de Gabinete No. 13 del 22 de enero de 1969, mejora y amplía su gestión creando la Dirección de Aeronáutica Civil como una entidad autónoma del estado con personería jurídica, patrimonio propio y autonomía en su régimen interno. Se definen en este decreto las funciones de la Dirección Aeronáutica Civil como son: planificación, investigación, dirección, supervisión, inspección, operación y explotación de la aviación civil en Panamá, así como del diseño y construcción de aeropuertos. Se refuerza, además, su estructura institucional al proveer los medios materiales y humanos necesarios para su funcionamiento.