El sistema lo conforman el Ministerio de Educación (MEDUCA) , el Coneaupa, la Comisión Técnica de Fiscalización (CTF) , las universidades oficiales y las particulares autorizadas por decreto ejecutivo y, como organismos de consulta, el Consejo de Rectores de Panamá y el Consejo Nacional de Educación. La CTF la integran las cinco (5) universidades oficiales del país: Universidad de Panamá, Universidad Tecnológica de Panamá, Universidad Autónoma de Chiriquí, Universidad Especializada de las Américas y la Universidad Marítima Internacional de Panamá.El CONEAUPA es el Consejo Nacional de Evaluación y Acreditación Universitaria de Panamá. Es el organismo evaluador y acreditar, rector del Sistema Nacional de Evaluación y Acreditación para el Mejoramiento de la calidad de la Educación Superior Universitaria.